Tuvo como objetivos, entre otros, los siguientes:

1. Estudiar todos aquellos aspectos impositivos, jurídicos, contables, de prevención de lavado de dinero y de gestión relacionados con el accionar de las entidades sin fines de lucro en todo el país.
2. Llevar capacitación al Interior a través de cursos y jornadas y generando encuentros regionales.
3. Establecer un espacio fijo para el Tercer Sector en los Congresos Nacionales de Profesionales en Ciencias Económicas.
4. Apoyar a las autoridades de la Federación en la respuesta sobre los temas de incumbencia de esta Comisión que le fueran requeridos.